船坂叶馬（ふなさかとうま）は、高校進学のための面談で担任教師から、少し変わった学校の推薦枠があるという話を持ちかけられた。そこは全寮制の国立高等学校。一般の学生募集は行っておらず、全て推薦のみという学校だった。学費が安く全寮制は渡りに船とばかりに入学する叶馬。しかし、そこは地下に広大なダンジョンを有し、学生は全てそのダンジョンを攻略するために集められた常識から逸脱した学園だった。叶馬は最初こそ戸惑ったが、仲間になった軽薄イケメンな小野寺誠一（おのでらせいいち）、内気でインドア派な芦屋静香（あしやしずか）、享楽主義者の薄野麻衣（すすきのまい）とともに、ダンジョンを攻略していく！