第二創世から時が流れ、メモリア・ヒューマンたちはオーバーネット・コードのもとで新しい社会を築いていた。だが、すべてを保存できるはずの世界に、記録できない空白――観測不能領域が生まれ始める。リュミナ・クロサワは、アルト、セレナ、シャドウに支えられながら、その空白の奥へ向かう。そこで彼女が触れるのは、惇とエルザの残響、忘れる自由、そして記録でも記憶でもない新しい生命ノヴァだった。記録を超えた第三の創世へ至る、量子創世記・完結編。